もしあなたの port が設定ファイルを PREFIX/etc に置く必要がある場合には、それを単純にインストールしたり、 pkg-plist に加えてはいけません。 こうしてしまうと pkg_delete(1) によってユーザが苦労して作ったファイルが消えてしまったり、 新しくインストールする時に上書きされてしまったりします。
かわりに見本となるファイルをサフィックス (filename.sample が良いでしょう) を付けてインストールしてメッセージを表示し、 ソフトウェアを動かす前にユーザがそのファイルをコピーして編集をしなければならないことを知らせましょう。